Videolla kuulemme nykykäsityksiä mikrobien monimuotoisuudesta ja merkityksestä, uusista tutkimusmenetelmistä, ja siitä miten mikrobeja on tutkittu Suomen luonnossa.
Lue lisää mikrobien monimuotoisuudesta
Lue lisää suomalaisista tieteellisistä tutkimuksista, jotka valaisevat mikrobien monimuotoisuutta luonnossa ja sen merkitystä ihmisille.
-
Virusten monimuotoisuus heinäratamossa Ahvenanmaalla.
Alkuperäinen artikkeli • Suomenkielinen yhteenveto • Ylen artikkeli heinäratamon kasvitautien tutkimisesta
Susi H, Filloux D, Frilander MJ, Roumagnac P, Laine A. 2019. Diverse and variable virus communities in wild plant populations revealed by metagenomic tools. PeerJ 7:e6140 DOI:10.7717/peerj.6140 -
Lasten ja nuorten ihon mikrobistot eroavat kaupunkilaisten ja maalaisten välillä.
Alkuperäinen artikkeli • Ylen artikkeli
Lehtimäki, J., ym. 2017. Patterns in the skin microbiota differ in children and teenagers between rural and urban environments. Scientific Reports 7, Article number: 45651. DOI:10.1038/srep45651
Selvitä itse
Mikrobeja on vaikea nähdä, ja uusimmat menetelmät joita tutkijat käyttävät niiden löytämiseen ovat toistaiseksi vain ammattilaislaboratorioiden ulottuvilla. Vanhalla kunnon petrimaljakasvatuksella kyllä pääsee näkemään mikrobeja varsin kätevästi. Mikrobiyhteisön toiminnan havainnollistamiseen taas on tietokonesimulaatioita.
Miten nopeasti bakteerit lisääntyvät
Bakteerien nopea lisääntyminen perustuu niiden kykyyn jakautua suvuttomasti. Siten jokaisesta solusta tulee ensin kaksi, niistä neljä ja niin edelleen. Tätä kutsutaan eksponentiaaliseksi kasvuksi. Kuvittele että saat kännykkäsi pinnalta yhden bakteerisolun sormeesi, josta siirrät sen nenään. Siinä on upeat oltavat. Nyt bakteeri jakautuu kerran 20 minuutissa. Montako bakteeria on nenässäsi vuorokauden jälkeen? Milloin bakteerien lkm ylittää miljoonan?
Kasvata mikrobeja petrimaljalla
Tarvitset tähän petrimaljoja, joita koulut voivat hankkia keskitetysti. Petrimaljalla on valmista kasvualustaa, jossa viihtyvät monenlaiset bakteerit. Kaikissa kokeissa maljoille laitetaan jotain, minkä jälkeen kannet laitetaan päälle ja maljoja säilytetään muutaman päivän ajan ylösalaisin mahdollisimman lähellä +37 astetta.
Kasvitautiherbaario
Tee herbaario eli kasvinäytekokoelma, jossa keskityt kasveihin, joilla näkyy kasvitautien oireita. Näytteitä kerätessä pidä kirjaa löytöpaikasta ja -päivämäärästä. Esimerkkejä kasvitautien oireista löydät täältä ja täältä. Käy katsomassa kuvia etukäteen, jotta saat vähän käsitystä siitä mitä etsit.
Tyypillisiä kasvien sienitautien oireita ovat kasvustot kasvin pinnassa, värimuutokset ja kasvuhäiriöt. Tautien tunnistaminen ei ole ihan helppoa sillä kasvuhäiriöitä ja värimuutoksia voivat aiheuttaa myös ravinnepuutokset – ei haittaa vaikka mukaan tulee niitäkin. Kerää myös kasvinäytteitä, joiden oireita et tunnista, ehkä joku osaa tunnistaa ne myöhemmin!
Mitä huomasit herbaariota tehdessä? Löytyikö kasvitauteja tietynlaisista paikoista? Oliko tautien välillä eroja – löytyykö jotain tautia melkein joka kasvilta ja toista vain yhdeltä siellä täällä?
Yhteenveto artikkelista ”Diverse and variable virus communities in wild plant populations revealed by metagenomic tools”
Kasvien sisällä ja pinnalla elää monimuotoinen kokoelma mikrobeja, ja osan niistä on patogeenejä eli taudinaiheuttajia. Ymmärryksemme kasvien patogeeneistä viljelyskasveilla ja laboratoriokasveilla on lisääntynyt viime vuosina uusien sekvensointiteknologioiden myötä, mutta paljon vähemmän tiedetään luonnon kasvipatogeeneistä. Sekvensoimalla kasvinäytteestä virusten RNAn, voimme nyt löytää viruksia villeistä isäntäkasveista.
Tutkimme heinäratamon viruksia Ahvenanmaalla RNA-sekvensoinnin avulla. Ahvenanmaan heinäratamo ja sillä elävä täpläverkkoperhonen ovat olleet vuosikymmenien ajan tärkeä malliyhteisö, jota tutkijat ovat käyttäneet monien ekologisten ilmiöiden tutkimuksessa. Viidestä yleisimmästä löytämästämme viruksesta selvitimme levinneisyyttä, yhdessä tai erikseen esiintymistä ja yhteyttä näkyviin kasvien oireisiin.
Löysimme yhden aiemmin tunnetun viruksen lisäksi neljä mahdollisesti tieteelle uutta virusta. Tuloksistamme näkyy, että virusten yleisyys ja monimoúotoisuus vaihtelee Ahvenanmaan eri alueiden välillä. Näkyvästi oirehtivat kasvit kantoivat yleensä virusta, mutta viruksia löytyi myös oireettomista kasveista.
Jatkotutkimuksissa olisi mielenkiintoista tarkastella, mitkä tekijät vaikuttavat erilaisiin virusten monimuotoisuustasoihin eri alueiden välillä. Mahdollisesti löytämiemme uusien virusten määrityksen varmistaminen edellyttäisi niiden koko genomin sekvensointia.
Susi H, Filloux D, Frilander MJ, Roumagnac P, Laine A. 2019. Diverse and variable virus communities in wild plant populations revealed by
metagenomic tools. PeerJ 7:e6140 DOI:10.7717/peerj.6140